В Центре Михаила Шемякина регулярно проходят выставки произведений Шемякина и его современников, лекции, мастер-классы, спектакли, концерты и кинопоказы. Каждая выставка сопровождается бесплатными экскурсиями.
Важное направление работы Центра — научно-исследовательская деятельность. Речь идёт о «Воображаемом музее» Михаила Шемякина, уникальном методе анализа и классификации образов из истории мирового искусства, разработанном художником.
В Центре можно приобрести произведения Михаила Шемякина или их копии, оловянные миниатюры и ювелирные украшения по мотивам «Щелкунчика», книги о творчестве художника и сувениры.