Когда Бернардино начал работать, осталось неизвестным. Его ранние картины выполнены в позднеготическом стиле. Очевидно, что манера Луини изменилась под руководством Леонардо, учеником которого он был. Миланский двойник Беноццо Гоццоли, Луини работал в Милане, Лугано, Саронно и Кьяравалле. Согласно местным преданиям, он был плодовитым художником. Судя по тому, что создал огромное количество фресок и картин, можно заключить, что он был хозяином процветающей мастерской. После смерти Бернардино, последовавшей в 1532 г., его его дело продолжили сыновья — Аурелио и Джованни Пьетро.
Образование и раннее творчество Луини и по сей день вызывают немало споров. Так, гипотеза о путешествии молодого художника во Флоренцию и Рим и о контактах с Рафаэлем, основывается только на том, что Р. Лонги приписал ему копию «Положения во гроб» из гал. Боргезе (Венеция, частное собрание). Кроме того, спорным кажется и авторство картины «Мадонна со святыми» (Париж, музей ЖакмарАндре), датированной 1507 и подписанной «Bemardinus Mediolanesis». Лишь фреска «Мадонна с ангелами», написанная в монастыре Кьяравалле в 1512 в ломбардской традиции Фоппы и Бергоньоне и с чертами леонардовского сфумато, является единственным точным ранним произведением художника.
Лучшие работы Луини, нарративные, с пластичными ритмами, восходящими к Брамантино, созданы в Милане - циклы фресок в капелле Корпус Домини ц. Сан-Джорджо аль Палаццо (1516), в капелле Сан-Джузеппе ц. Санта-Мария делла Паче (ныне - Милан, пинакотека Брера), на вилле Раббиа алла Пелукка (там же; Париж, Лувр; Шантийи, музей Конде), в Палаццо Раббиа в Милане (Берлин, музей Боде; Вашингтон, Нац. гал.), в оратории Греко Миланезе (Париж, Лувр) и в капеллы Безоцци ц. СанМаурицио (над этими росписями он работал до 1530). Наряду с этим он пишет большую серию «Мадонн» (Париж, Лувр; Санкт-Петербург, Гос. Эрмитаж; Милан, пинакотека Брера; Лондон, собрание Уоллес; Неаполь, Каподимонте), благодаря которым он и прославился, особенно в романтической среде XIX в. Леонардовские по своей иконографии, эти «Мадонны» отмечены также влиянием Соларио. Среди лучших картин художника можно также назвать «Снятие с креста» (Милан, ц. Санта-Мария делла Пассьоне), «Благовещение» (Милан, пинакотека Брера), «Пьету» (1516, Милан, ц. Сан-Джорджо аль Палаццо), «Св. Иеронима» (Милан, музей Польди-Пеццоли), «Полиптих» (1523, Леньяно, ц. СанМаньо), «Полиптих Торриани» (прежде - Турин, собрание Ди Ровасенда, пределла - Пасадена, музей Нортон Саймон). К позднему периоду творчества Луини относятся фрески в ц. Санта-Мария дельи Анджели в Лугано (1529-1530) и в ц. в Саронно (1525-1532), близкие произведениям Гауденцио Феррари.