Происходил из семьи сибирских казаков‑землепроходцев. Его дед, Иван Яковлевич, был купцом 3‑ей гильдии города Тары Тобольской губернии. Отец, известный судовладелец Павел Трофимов, и его сотоварищи, купцы и судовладельцы, энергично развивали промышленность края. В 1900‑х гг. в их среде возникла идея возрождения торгового мореплавания по Северному морскому пути и устройства ярмарок в Мангазее. Для обследования Обь‑Иртышского бассейна и устья Оби в 1911 г. был приглашен Фритьоф Нансен; в финансировании проекта участвовал П.И.Трофимов. В семье было десять детей, каждый из которых получил образование, в том числе и высшее.
В 1899 году В.П.Трофимов окончил Московское художественное училище им.Строганова, или «Школу рисования в отношении к искусствам и ремёслам», как назвал его основатель граф С.Г.Строганов. (Из этого училища в разные годы вышли такие разные деятели, как М. А. Врубель, А. В. Щусев, К. А. Коровин и многие другие художники, архитекторы, скульпторы). Близкий друг и однокурсник Игнатия Нивинского по училищу, вместе с которым был представлен к золотой медали; вместо медали друзья выбрали поездку за границу для усовершенствования за счет училища; позже муж сестры Нивинского, Веры. Она хорошо пела, декламировала. Услышав ее декламацию на выпускном вечере в гимназии, знаменитая комедийная актриса Малого театра Елена Лешковская уговаривала родителей разрешить развивать в дочери этот талант. В.П.Трофимов продолжил образование в частной школе С.Ю.Жуковского и Н.Ф.Халявина, потом за границей, куда ездил неоднократно.
В 1900 году назначен преподавателем вечерних классов Строгановского училища, где он проявил себя и как хороший администратор. Вскоре преподавателя Трофимова перевели в село Речицы уже заведующим филиалом училища.
В 1903-1905 годах работал в Суджанском земстве художником и заведующим художественной частью кустарного отдела. В Судже произошло важное событие в его личной жизни – родился первенец, Игнатий. Несколько последующих лет они живут в Москве, где Викентий Павлович обучает технике акварели в частной художественно-промышленной школе Богданова и Галкина, а в 1909-1911 годах заведует филиалом Строгановского училища в Сергиевом Посаде.
С 1911 года до 1922 в Воронеже В.Трофимов был заведующим и творческим руководителем художественно‑ремесленного училища им. Коломенкина, филиала Строгановского училища. В Московском Историческом музее хранится этюд В.П.Трофимова, посвященный приезду императора Николая II в Воронеж в начале Первой мировой войны. Работы В.П.Трофимова этого периода хранятся также в Воронежском краеведческом музее. Художник Трофимов неоднократно участвовал во Всероссийских конкурсах художественной промышленности в Москве и Петербурге в 1900-1916 годах, удостоен первых премий. В 1916 году принял участие в Московского Товарищества художников. В 1918 году посылает из Воронежа три картины на выставку в Москву, одна из них («Купающиеся мальчики») была куплена в первый же день.
В начале 1920-го года к В.П.Трофимову обратились члены комиссии профессора Ю.Успенского. Энтузиасты возрождающегося Археологического общества (прообраза Общества охраны памятников истории и культуры (ВООПИиК)) задались целью спасти уходящую городскую натуру, для ее изучения, описания, воссоздания привлекли к делу, помимо местных художников, и знаменитого А.М.Васнецова. Трофимов написал серию картин, изображающих старый Воронеж и строительство военных кораблей на Петровских адмиралтейских верфях, внимательнейшим образом изучив для этого документы из городского архива и сумев «привязать» к местности описания и изображения уже несуществующих к этому времени зданий. Так, картина «Успенская церковь с домами Меньшикова и Апраксина в петровское время» была написана на основании старинной гравюры. Эта работа, а также некоторые другие («Цитадель, или адмиралтейство гор.Воронеже эпохи Петра», «Дворец (дом) Петра Великого в Воронеже», «Постройка кораблей в Воронеже») хранились в Воронежском губернском музее (теперь музей им.Крамского) и были опубликованы. Много позже, в марте 1986 года, состоялись Воронежские краеведческие чтения, где был представлен содержательный доклад «Художник Викентий Павлович Трофимов (1878-1956) и его работа по изучению старого Воронежа», в музее им.Крамского прошла выставка его произведений, о жизни и творчестве художника была опубликована большая статья главного хранителя музея, где, в частности, сказано: «Большинство работ художника выполнены в привлекавшей его технике акварели, но так же тонко, легко и прозрачно писал он маслом. Манера письма Трофимова импонировала И.Э.Грабарю, который называл его работы «документальными» и «живописными портретами архитектурных памятников, которые точны настолько, что на них можно просчитать кирпичи».
В 1924 году семья перехала в Омск, где В.П.Трофимов был назначен заведующим живописным отделением Врубелевского художественного техникума и, помимо этого, стал руководителем филиала общества «Новая Сибирь». Здесь написаны картины «У переправы через Иртыш», «Обь у Белокурихи», «Обь», «Весна в Омском затоне», «Пристань в Омске ночью», «Карская экспедиция в пути» и много других, а также созданы серия этюдов в сибирском курорте «Боровое», путевые альбомы, монументальные работы по настенной живописи в интерьерах общественных зданий. В 1930-е годы работы В.П.Трофимова (портрет младшего сына Льва «Наша смена» и другие) широко разошлись в открытках, издаваемых АХР (Ассоциацией художников революции) тиражом 25.000. Почти сплошь морская тематика картин отражает другую сильную страсть Викентия Павловича – моряцкую. Он был превосходным яхтсменом и передал детям любовь к большим рекам, к морю. Знание морского обихода дало ему возможность поразительно точно рисовать парусники – с передачей мельчайших деталей корпуса, оснастки, что далеко не всегда встречается у маринистов.
В Москве, куда Трофимовы переехали в 1932 году, В.П.Трофимов оформил плафон парадной лестницы в Доме Советской Армии в Архангельском, плафоны Белого зала Моссовета и Музея архитектуры им.Щусева, а также сделал росписи в Доме Наркомтяжпрома в Сочи.
В конце 1930-х годов семья переехала в Загорск, где Викентий Павлович вместе со старшим сыном Игнатием осуществил одну из самых удивительных и сложных работ – реставрацию Троице-Сергиевой Лавры. В процессе работы сложился уникальный творческий тандем отца и сына. Игнатий Трофимов, архитектор-реставратор, назначенный научным руководителем и главным архитектором, разработал генеральный план реставрации. Викентий Трофимов, прекрасно владея искусством композиции, делал художественные реконструкции памятников Лавры в их оптимальном виде, найденном сыном, во многом опираясь на сделанные последним чертежи. В книге И.В.Трофимова помещен ряд работ Викентия Павловича: «Духовская церковь и Троицкий собор. Перспективный вид с востока»; «Духовская церковь. Перспективный вид с юго-запада»; «Больничные палаты с церковью Зосимы и Савватия. Перспективный вид с юго-востока»; «Трапезная. Перспективный вид с северо-востока»; «Трапезная. Разрез по оси восток-запад»; и многие другие.
В эти годы В.П.Трофимов не оставляет и станковой живописи, постоянно участвует в выставках. 23 августа 1955 года в Загорском музее-заповеднике открылась персональная выставка художника, на которой были представлены его работы, начиная от первых и до картин, находящихся в стадии эскизов. Большую часть экспозиции составили картины, посвященные Лавре. Как совершенно справедливо написано в каталоге выставки, «эти акварели могут служить документом для исследователя древнерусского зодчества, с такой точностью проработана в них каждая деталь» . Его наследие – живописное и прикладное – очень велико и, по сути, еще толком не изучено. Архив В.П.Трофимова и часть его картин и этюдов в 1990—1991 годах передан в Тюменский областной музей изобразительных искусств, где для картин его и его брата, художника Константина Трофимова, выделены отдельные экспозиционные площади. Картины В.П.Трофимова также хранятся в музеях Нового Иерусалима, Музее архитектуры им.Щусева и мн.других.
В.П.Трофимов оставил массу учеников в различных областях станковой, монументальной, прикладной живописи, художественной промышленности. Прежде всего, он воспитал своих детей, живших в атмосфере непрестанного художественного творчества. Его старший сын Игнатий Трофимов, главный руководитель реставрационных работ, почетный гражданин Сергиево‑Посадского района, член Союза Архитекторов России, действительный член Академии Архитектурного наследия, посвятил ему свою книгу: «С особой признательностью автор чтит память своего отца – художника Викентия Павловича Трофимова, с 1938 по 1956 год жившего и работавшего в стенах Троице-Сергиевой лавры и являвшегося повседневным советчиком и руководителем автора. Глубокие познания художника в области искусства и архитектуры, кипучая творческая деятельность, выраженная в живописных произведениях, проникнутых безграничной любовью ко всему русскому, служили для автора постоянным творческим примером, которому он обязан всем положительным, что есть в его работе».
