Родился в бедной семье калязинского мещанина. В начале 1820-х жил «в работниках» у местного иконописца, учился «с образов», работал со странствующей артелью калязинских иконописцев. В начале 1823 года расписывал с артелью иконостас в Теребенском монастыре Вышневолоцкого уезда Тверской губернии, где впервые встретился с А.Г.Венециановым. В апреле 1824 года писал иконостас в имении А.П.Путятина, соседа Венецианова, в мае работал в Теребенском монастыре, где вновь встретился с Венециановым. По просьбе Венецианова был принят под покровительство Общества поощрения художников. Летом 1825 года приехал в С.-Петербург, поселился в доме Венецианова и стал одним из первых его учеников. В июле того же года Крылов получил разрешение посещать рисовальные классы Академии художеств. Написал «Вид палисадника при квартире Венецианова», приобретенный императрицей Елизаветой Алексеевной. В 1825-1827 годах выполнил ряд жанровых композиций, представленных на выставках Общества поощрения художников. Одну из работ - «Мальчик со свечкою в руках» - приобрел П.П.Свиньин для «Русского музеума». В 1827 году за картину «Зима» и за портреты с натуры, экспонированные на выставке в Академии художеств, Крылов был награжден малой золотой медалью из числа наград Общества поощрения художников. В 1830 году был признан «назначенным» в академики и получил программу на звание академика «написать в естественную величину поколенный портрет Мартоса». Об исполнении программы сведений не имеется.
Умер 28 июня (10 июля) 1831 во время эпидемии холеры.
Никифора Степановича Крылова, родившегося в городе Калязине на Волге и работавшего в молодости в артели странствующих иконописцев, при росписи одной из церквей в Тверской губернии заприметил русский художник и воспитатель молодых талантов А.Г. Венецианов: "Заметил я между живописцами-работниками одного, который и писал смелее прочих и был моложе других". В течение нескольких лет Венецианов стремился уговорить набившего руку на росписи церквей и писании портретов Н. Крылова переехать на учебу в Петербург (были у молодого живописца и "cерьезные" композиции в одном из монастырей Тверской губернии — "Исцеление расслабленного руками и ногами помещика Куминова, наказанного немотой за дерзкое языкословие").
С началом осени 1825 года Н. Крылов из "мастеров" перешел в ученики, работая под руководством Венецианова и посещая натурный класс Академии художеств. В 1827 г. получил 2 золотую медаль от ОПХ за пейзаж "Зима". Помимо многочисленных, небольших по размеру и шедших на продажу работ художник пишет интереснейшее полотно — "Русская зима", в котором он попытался разрешить проблему изображения снега в пейзаже. (Вспомним К.П. Брюллова, который двумя десятилетиями спустя утверждал, что все можно изобразить в пейзаже, кроме снега: "Как ни напишите зиму, а все выйдет пролитое молоко". Это к тому, что художники писали в то время практически одни летние пейзажи, к тому же зачастую итальянские.)
В последние годы жизни Н.С. Крылов добился больших успехов в портретной живописи. "Он остановился на портретной живописи и в оной отличен", — мнение А.Г. Венецианова. А умер живописец от холеры совсем молодым, хотя немалый талант и большое трудолюбие намечали впереди прочное признание.