Родился в 23 января (4 февраля) 1870 года в Палехе. Заслуженный деятель искуств РСФСР (1935). Член Союза художников РСФСР с 1934 года. Потомственный иконописец. В 1880-1886 годах учился в мастерской Н.М.Сафонова у мастера В.А.Беляева. Затем 34 года работал у Сафонова. Принимал участие в реставрации фресок Благовещенского собора Московского Кремля (1897). В 1891-1895 годах был на военной службе. Участник русско-японской войны 1904-1905 годов. Вернувшилсь в Палех, во главе бригады реставрировал фрески палехского Крестовоздвиженского храма, Новодевичьего монастыря в Москве, домовой церкви великой гнягини Ксении в Москве, Княжеских палат в Костроме, церквей Новгорода и Владимира, Грановитой палаты. В 1914-1918 годах преподавал иконопись в учебной мастерской Комитета попечительства о русской иконописи. В 1918-1924 годах крестьянствовал. Летом 1924 года начал расписывать изделия из папье-маше. Один из учредителей Артели древней живописи (4 декабря 1924 года). Умер 21 августа 1936 года после тяжёлой продолжительной болезни, похоронен в Палехе.
Манера письма И.М.Баканова отличается гармоничностью нежных красок. Ом имел замечательное чувство меры, прекрасно уравновешивал композицию и цвет, сочетал реализм с традиционными стилями древнерусской живописи. Работал в монументальной живописи, иллюстрировал книги (книги "Искусство Палеха" А.В.Бакушинского (1934), "Палешане" Е.Ф.Вихрева (1935)), занимался росписью по фарфору. Тематика произведений: фольклор, литература, история, современная деревня, жанровые сцены. Участвовал в выставках с 1923 года.
Работы И.М.Баканова хранятся в музеях: ГМПИ, ГТГ, ГРМ, ВМДПиНИ, МНИ, ЗГИХМЗ, Ивановском ОХМ, НГХМ, Всероссийском музее А.С.Пушкина "Мойка 12", Государственном музее А.С.Пушкина (г. Пушкин), Государственном музее-заповеднике "Тарханы", ЦМР. Улица, на которой жил И.М.Баканов, названа его именем.