Большая часть его детства прошла в оккупированной Восточной Германии, а затем в ГДР. В 1957 году 14-летний Михаил вернулся обратно в СССР, в Ленинград. Он был принят в среднюю художественную школу при Институте живописи, скульптуры и архитектуры имени И. Е. Репина, где учился с 1957 по 1961 год. Был отчислен. В 1971 году выслан из СССР. Сначала жил в Париже, затем в США, с 1981 года — в Нью-Йорке, с 1991 — в Клавераке (en:Claverack, New York), штат Нью-Йорк. Въехать обратно в СССР Михаилу Шемякину разрешили только в 1989 году, после 18 лет изгнания.
МИХАИЛ ШЕМЯКИН родился в 1943 г. в Москве, вырос в оккупированной Германии, вернулся в Санкт-Петербург в 1956 г. и поступил в Среднюю художественную школу при Академии искусств им. Репина. Исключен из СХШ за то, что не подходил под нормы Социалистического реализма, в 1959 - 61 Шемякин работает чернорабочим. Он был подвежен принудительному лечению в экспериментальных лечебницах. Пять лет работает в Государственном Эрмитаже такелажником. В 1967, художник создает Группу "Санкт-Петербург" и пишет, вместе с философом Владимиром Ивановым, теорию Метафизического Синтетизма, посвященную созданию новой иконы на основе изучения религиозного искусства всех времен и культур.
В 1971 г. Шемякина выдворяют из СССР. Он живет и работает в Париже, затем в 1981 году переезжает в Нью-Йорк. В 1989 принимает американское гражданство.. Выставляется в Европе, США, Бразилии, Японии, Гонг-Конг. Исследования, начатые в 60-ые годы, искусства всех времен и культур, развиваются до коллекции миллионов образов, организованных по тематическим, техническим, историческим и философским категориям. Художнику присуждают пять почетных докторских степеней за эти исследования, которые служат основой Института философии и психологии творчества. В 2002-2003 годах создает серию передач для телевизионного канала "Культура", Воображаемый музей Михаила Шемякина.
Возвращение творчества Шемякина в пост-коммунистическую Россию началось с первой официальной выставки его работ с момента ссылки, в 1989 г. Позже, он продолжает выставляться в Росси и ставит три памятника в Санкт-Петербурга - Петру Первому (1991), Жертвам политических репрессий (195), Архитекторам-Первостроителям Санкт-Петербурга(1995): В 2001 году открывается его памятник Детям-жертвам пороков взрослых на Болотной площади в Москве. К 300-летию Санкт-Петербурга (2003) создает для Константиновского дворца композицию Царская прогулка.
В Нью-Йорке стоит его Кибела: Богиня плодородия (1993): в Париже, Карнавал Санкт-Петербурга:: в Лондоне, Петру Первому(2001): в нормандии Петру Первому.(1991). Для университета Хофстра (Хемпстед, Нью-Йорк) Шемякин выполняет памятник Диалог Платона с Сократом(1998). Для Венеции - Джакомо Казанове (1998).
В Мариинском театре (Санкт-Петербург) в 2001 году Шемякин ставит новый вариант балета Чайковского Щелкунчик, затем в 2005 году создает либретто и постановку нового балета по мотивам той же сказки Гофмана, Волшебный орех. В 2006 Софийская опера открывает вечер одноактных балетов в оформлении Шемякина и с хореографией Донвены Пандурски.
Михаил Шемякин работает в широком диапазоне техники, от рисунка до монументальной скульптуры и театра и кино. Темы его работ также многообразны, от театрального гротеска до метафизических исследований.
Работы Шемякина находятся в постоянной коллекции музеев США, России, Франции, Польши, и стран СНГ.