Родилась в Лодзи, в семье польского инженера путей сообщения. Талант девочки поддерживался родными, София обучалась изобразительному искусству в Мюнхене, Милане, Флоренции, Венеции. Наконец, София Александровна попала в столицу искусств. Здесь, в Париже, и произошла встреча 24-летней способной художницы с Михаилом Бойчуком, в которого она не только влюбилась "раз и навсегда", но поверила в его творческие идеи и масштабные проекты по созданию самобытного искусства оформления больших плоскостей.
Темперамент и энергия Михаила Львовича гипнотизировали молодых художников, и после окончания Петербургской школы поощрения художеств и работы в изобразительных студиях Миргорода и Киева София Александровна приехала к Бойчуку во Львов, чтобы уже надолго быть рядом.
Это был союз сильных и одаренных личностей, где определяющую роль играл, конечно, Михаил Львович.
Сестра Налепинской Анна вспоминала, что София полностью попала под влияние мужа, выучила украинский язык, пела и играла на бандуре, украшала дом народными килимами. Она очень любила свою польскую семью и страну, но чувство к мужу, вера в его грандиозные идеи оказались неодолимыми.
Они жили счастливо, трудно, напряженно. София Александровна родила сына, но искусство продолжало оставаться главным делом жизни. Большие монументальные работы привлекали ее меньше, чем графика, в которой она достигла действительно большого мастерства. Она стала профессором Киевского художественного института, организатором новой графической мастерской, специализируясь на ксилографии (гравюре на дереве). До 1929 года, времени личного разрыва с Михаилом Львовичем, София Александровна вела педагогическую деятельность, а также много работала в станковой графике, иллюстрировала книги, в частности, Тараса Шевченко. Она была человеком цельным, гармоничным и, как показали последующие события, не по-женски героическим.
Работы Софии Налепинской-Бойчук отличались ясной формой, архитектурной уравновешенностью, великолепно сочетающейся с изображением надписью.
Но, оставшись в 44 года без любимого человека, связавшим жизнь с другой женщиной, София Налепинская пережила и тяжелую моральную травму. Спасти могло только искусство и сын. Последующие восемь лет стали наиболее плодотворными для творчества художницы.
Страшным ударом для Софии Александровны стал арест ее друзей и бывшего мужа весной 1937 года. А через два месяца в тюрьму попадает она сама.
Найденные протоколы допросов Налепинской, реабилитированной только в 1988 году, - свидетельство ее беспримерного достоинства, гордости.