Учился в Петербургской Академии художеств и должен был стать живописцем. Однако первые же самостоятельные занятия дагерротипией определили судьбу молодого художника. В 1849 году Деньер окончил Академию, а спустя два года в петербургском пассаже открылось «Дагерротипное заведение художника Деньера». Художник приложил к портретной фотографии знания, полученные в Академии. Дагерротипией Деньер занимался мало. Он быстро освоил процесс мокроколлодионной фотографии, и лишь по привычке ателье продолжало называться дагеротипным заведением.
На долю А.И. Деньера выпало решение трудной задачи - добиться признания светописи в кругу самых, казалось, непримиримых противников новоявленной соперницы искусств - своих товарищей и недавних учителей. Профессора Академии художеств резко отзывались о фотографии и не признавали ее даже подспорьем для живописцев. Виднейший академик Ф.А. Бруни, например, отказывался даже фотографироваться. Усилиями А. Деньера неприязненное поначалу отношение к фотографии с годами стало меняться к лучшему, его ателье стали посещать живописцы и графики.
А. Деньер не терпел грубой ретуши, применявшейся в ателье профессионалов, и поручал ретушь художникам. Ретушером его мастерской был знаменитый в будущем живописец-портретист И.Н. Крамской. А. Деньер поручал ему работу над самыми трудными портретами и группами. Молодой Крамской прослыл «богом ретуши».
Художники-ретушеры вносили оживление в работу фотографических мастерских: обсуждали формы композиции, вспоминая при этом опыт живописных портретов, интересовались поисками освещения при съемке. Опыт оказывался полезным и в живописи. Так, занимаясь ретушью, И. Крамской близко познакомился с возможностями передачи светотенью формы лица, тканей, костюмов, деталей обстановки.
А. Деньер был одним из первых в России репродукционеров картин живописи. И здесь он выступал художником с тонким вкусом. Можно допустить, что Деньер, сам художник, был и свидетелем, и участником бесед о направлениях в живописи. Ведь именно в эту пору, в 1863 году, группа выпускников, которым отказали в выборе свободной темы для конкурсной работы, покинули Академию художеств. Они во главе с И. Крамским объединились в «Петербургскую артель художников». Спустя пять лет, Крамской обдумывал план создания фотографического ателье при артели. Молодая русская светопись развивалась рядом с передовой реалистической живописью.
Ценя А. Деньера как портретиста, некоторые живописцы пользовались его снимками. И. Крамской писал часто заказные портреты с фотографий. О хорошем знании живописцем изобразительных возможностей светописи можно судить по многим его работам, например, по портрету скульптора М. Антокольского — в нем «фотографически» передана светотень.
Широко известен был фотопортрет Тараса Шевченко в шубе с меховыми отворотами и в барашковой шапке работы А. Деньера. Этот снимок считался настолько типичным по заключенному в нем образу, что И. Крамской написал с него портрет поэта для картинной галереи П. Третьякова. По мнению специалистов, и в фотопортрете И. Крамского Деньер достиг большего сходства, чем иные художники-живописцы, писавшие Ивана Николаевича.
«Вспомогательные листы» для будущих портретов заказывал Деньеру и живописец С. Зарянко. Зарянко посоветовал Деньеру создать такой способ съемки или печатания, чтобы получать снимки, обладающие меньшей резкостью контуров.
И до Деньера фотографы прибегали к разным приемам, чтобы получать желательную мягкость рисунка. Одни во время экспонирования слегка поворачивали фотообъектив со вставленной продолговатой диафрагмой, другие - саму диафрагму, третьи делали легкий щелчок по камере. Эффекты получались грубые. Деньер сначала довольствовался печатанием с негатива на сильном свету, положив негатив на бумагу не фотослоем, а обратной стороной. Зарянко был доволен, Деньер - нет. Он с годами усовершенствовал прием. Производил съемку на двух пластинах разной толщины и печатал снимок с обоих негативов разной плотности, что и создавало на отпечатке мягкость контуров. Этот прием особенно пригодился, когда стали печатать снимки большого размера. Он смягчал «протокольную резкость» в портретах, которая вызывала много нападок на светопись. Прием получил название «способ Деньера».
В 1865 году, когда не было еще фототипного и цинкографского способов воспроизведения снимков в полиграфии, А. Деньер предпринял издание альбома фотографических портретов «известных лиц в России». Вышло двенадцать выпусков альбома. Каждый — изящное фотографическое издание, несколько напоминающее семейный альбом визитных карточек. Немало листов отдано портретам писателей. Помещены портреты путешественников, ученых, врачей, артистов.
А. Деньер выступал экспертом на русских и международных фотовыставках. В его ателье проводили опыты фотографы, искатели нового в технике фотографирования. Он же одним первым начал вести съемки этнографических сцен в павильоне, был одним из первых фотографов России, показавших свои на международных выставках.
А. Деньер активно поддерживал все новое и творческое в фотографии, ставшей делом его жизни.